V roce 1998 obohatila Yamaha modelovou řadu XJR strojem XJR 1300, zprvu jen pro japonský trh, od r.1999 celosvětově. Rok byly modely 1200 a 1300 vyráběny paralelně. Jak se dá poznat z modelového označení, spočívá hlavní rozdíl (mezi XJR 1200 a 1300) v zvětšeném objemu – z 1188 na 1251 cm3. Vnitřek motoru byl přepracován. Byly namontovány lehčí kované písty, které nyní neběhají ve vložkách válců z šedé litiny, ale ve vložkách válců z hliníkové slitiny opatřené ochranným nástřikem. Opticky je model XJR 1300 vyšší. Strany a zadek jsou upravené, i design sedadla byl změněn. Výška posedu je o 5 mm níže než u XJR 1200, což jistě uvítali jezdci nižších postav. Motor japonského prvního modelu už není černě natřen – na rozdíl od XJR 1200 motorů. “Fajfky” svíček spolu s kabely od svíček jsou ve sportovní červené barvě. U modelu XJR 1300 použila Yamaha pro domácí (japonský) trh na předním kole brzdy “Brembo”. Vzadu najdeme plně nastavitelné pružinové součásti Öhlins. Tachometr pracuje elektronicky. Počitadlo kilometrů ukazuje digitální číslice a případně i hodiny. Kontrolky blikačů, dálkového světla a volnoběhu jsou nyní umístěny v malém pruhu mezi přístroji. Moderním požadavkům odpovídají i kola – XJR 1300 jezdí sériově na pneumatikách 120/70 ZR 17 – 180/55 ZR 17. Na rozdíl od japonské “praverze” z r. 1998 obsahují “evropské” první vyrobené kusy modelu XJR 1300 černě nalakovaný motor. Také kokpit zůstal při starém. Digitálních hračiček, viditelných u japonských prvních kusů, se u evropského modelu výrobci vzdali. Použity byly jednodílné brzdy z R1 s 298 mm kotouči v kombinaci se změněným hlavním brzdovým válcem. Yamaha také u modelu XJR 1300 zesílila osu předního kola a vlivem toho upravila i ráfek. Spíše nenápadnou změnou zůstává modifikovaný rám. Průměr trubky rámu z vysoce pevné oceli činí teď 38,1 mm (podle obchodních informací Yamahy z r. 1998). Hliníková kyvná vidlice byla, dle Yamahy, také vyztužena. Chladič oleje je širší a má teď větší kapacitu. Stroj disponuje sekundárním řetězem DID 550 (XJR 1200 – DID 532) jako u R1. Shrnuto, Yamaha se u XJR 1300 soustředila na množství detailů. Bohužel firma Yamaha nedospěla k tomu, aby exportní model XJR 1300, jako už i XJR 1200, vybavila (v Japonsku povinnými a tedy běžnými) plně nastavitelnými tlumiči Öhlins a jinými hodnotnými detaily ve výbavě, jako např. členěným sedadlem (v Evropě jen u verze SP) nebo pochromovaným krytem střední části výfuku.

Roku 1999 vyrobila Yamaha, pokračující tak v tradici modelů 1200, paralelně k základní verzi XJR 1300 opět verzi SP. Dle Yamahy měla tato SP vylepšenou výbavu oproti normální XJR 1300. Tentokrát hned ve dvou atraktivních vícebarevných provedeních. V roce 2000 pokračovala Yamaha úspěšně ve vývojové řadě XJR. Byla tak vyráběna opět normální XJR a paralelně k tomu lépe vybavená SP řada – opět ve dvou individuálních barevných provedeních. Největší inovací, tedy nejlépe viditelnou, u obou variant, byl nyní stříbrně lakovaný motor. Podle Yamahy rok 2000 byl doposud nejúspěšnějším rokem. XJR dosáhly např. v německé “hitparádě” s více než 3500 prodanými kusy 7. místo. I v roce 2001 se počítalo s tím, že si řada XJR povede dobře. Modely SP roku 2001 byly nabízeny ve dvou barevných variantách. Zvláště žlutá verze svou barvou připomíná první “vydání” modelu SP Kenny Roberts z r. 1997. Motocykl se vyrábí opět v normálním provedení, a paralelně k tomu SP verze, u které je výběr ze dvou barevných variant.